Seit rund 20 Jahren trafen sich einige Bürgermeister aus den Nachbarlandkreisen Passau und Rottal-Inn in einem lockeren Zusammenschluss, der sogenannten "Bürgermeisterrunde", um sich auszutauschen und gegenseitig auf dem Laufenden zu halten. Im Jahr 2015 erfolgte auf Initiative des Aidenbacher Bürgermeisters Karl Obermeier eine Findungsklausur, in der insgesamt neun Gemeinden herausfinden wollten, ob gemeinsame Schnittmengen bestehen und daher eine ILE-Gründung sinnvoll erscheint. Dies war der Fall, und so schlossen sich am 1. Juli 2016 die Kommunen Aidenbach, Aldersbach, Bad Griesbach, Beutelsbach, Egglham, Fürstenzell, Haarbach, Ortenburg und Roßbach zur ILE Klosterwinkel zusammen. Der ehemalige Staatsminister Helmut Brunner überreichte den Bürgermeistern bei einem Festakt in Aidenbach die Gründungsurkunden.
Im Jahr 2017 wurde die ILE um die Stadt Vilshofen und den Markt Hofkirchen erweitert, 2019 erfolgte der Austritt von Bad Griesbach. Insgesamt arbeiten somit nun zehn Kommunen mit über 50.000 Einwohnern und beinahe 500 km² interkommunal zusammen.
Die Bezeichnung Klosterwinkel wurde auf Grund der zahlreich vorhandenen bedeutenden Kirchen und Klöster in der Region, die u.a. von namhaften Künstlern wie den Gebrüder Asam gestaltet wurden, gewählt.